Profesor informatiky na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy v Praze.

ZDŠ Polabiny II ukončil v roce 1974, v roce 1978 maturoval na Gymnáziu Dašická v Pardubicích (třída se zaměřením na matematiku a fyziku). V letech 1978 – 1983 studoval na MFF UK v Praze, kde pokračoval interní aspiranturou na Katedře algebry (titul kandidáta věd v roce 1987). Od roku 1995 pracuje na Katedře aplikované matematiky (od roku 1995 jako docent, od roku 2003 jako profesor). Od roku 2003 je vedoucím této katedry. Je členem vědecké rady Matematicko-fyzikální fakulty UK v Praze, vědecké rady Fakulty aplikovaných věd ZČU v Plzni a vědecké rady ČVUT v Praze.V letech 1994-5 a 1999 přednášel na Department of Computer and Information Science University of Oregon v Eugene, Oregon, USA. Je spoluautorem více než 100 vědeckých článků publikovaných v mezinárodních vědeckých časopisech v oborech matematika a informatika. Je spolueditorem knihy „Topics in Discrete Mathematics“, která vyšla v roce 2006 v nakladatelství Springer a která získala cenu rektora UK za nejlepší publikaci v oboru přírodních věd v roce 2006. Je spolueditorem 13 zvláštních čísel mezinárodních časopisů či recenzovaných konferenčních sborníků.

Je pravidelně zván k vědeckým přednáškám na seminářích a kolokviích na předních světových univerzitách - např. University of Waterloo (Kanada), Toronto University (Kanada), University of Oregon (USA), Georgia Institute of Technology (USA), University of Newcastle (Austrálie), Victoria University, Wellington (Nový Zéland), Durham University (Velká Británie), Cambridge University (Velká Británie), Oxford University (Velká Britínie), Technische Universitaet Berlin (Německo), Bergen University (Norsko), Université Metz (Francie) a řadě dalších. Aktivně se účastní předních světových konferencí v oboru diskrétní matematika a teoretická informatika, na řadu z nich byl pozván jako jeden z hlavních (tzv. zvaných či plenárních) řečníků – např. Atlanta (USA), Sandbjerg (Dánsko), Bedlewo (Polsko), Bandung (Indonésie), Newcastle (Austrálie), Sevilla (Španělsko). Podílel se na organizaci vědeckého programu řady konferencí prací v programových výborech. Několik významných mezinárodních konferencí přivedl do Česka jako předseda programového výboru – Graph Drawing GD 1999, Mathematical Foundations of Computer Science 2004, International Workshop on Combinatorial Algorithms IWOCA 2009, Theory and Applications of Models of Computation TAMC 2010. Například série konferencí TAMC byla založena a šestkrát se konala  v Číně, pro první uspořádání mimo Čínu a mimo Asii vůbec byla vybrána právě nabídka Prahy a zahájení této konference se účastnila i velvyslankyně Čínské lidové republiky. Spolu s prof. Andrzejem Proskurowskim z University of Oregon založili sérii konferencí Graph Classes, Optimization and Width Parameters GROW, která se těší velkému zájmu odborníků pracujících v těchto oborech (pořádána 2001 v Barceloně, 2005 v Praze, 2007 v Eugene, 2009 v Bergenu, v roce 2011 bude v Soulu). V letech 2002 – 2010 byl předsedou České matematické společnosti (při Jednotě českých matematiků a fyziků). V této funkci mimo jiné aktivně působil na rozvíjení mezinárodních styků ČMS, která v tomto období uzavřela smlouvy o spolupráci a recipročním členství se čtyřmi zahraničními společnostmi (Španělskou královskou, Katalánskou, Australskou a Slovinskou). Zvláště  spolupráce s Katalánskou matematickou společností  je aktivní a neformální, po dvou Česko-katalánských matematických konferencích uspořádaných v letech 2004 a 2005 byla v lednu 2010 v Praze uspořádána konference CSASC – česko-slovensko-rakousko-slovinsko-katalánská.

 J. Kratochvíl měl hlavní zásluhu na obnovení soutěže SVOČ v matematice pro vysokoškolské studenty. První ročník se konal v roce 2000 u příležitosti světového roku matematiky. Studenti v této soutěži soutěží s původními matematickými a informatickými díly, z nichž mnohá jsou na tak dobré úrovni, že ještě v době studia jsou přijata k publikaci nebo dokonce publikována v mezinárodních vědeckých časopisech. Soutěž, jejíhož jedenáctého ročníku v roce 2010 se účastnilo přes 70 studentů z Česka a Slovenska, je pro nadané studenty stimulem pro aktivní práci nad rámec běžné výuky, navíc jim setkání na závěrečném kole dává příležitost seznámit se s prací svých kolegů z jiných univerzit. Navázání prvních kontaktů může být slibným základem vědecké spolupráce.

J. Kratochvíl je vášnivý fotograf a ze svých zahraničních cest se vždy vrací s gigabajty fotografií zachycujících především přírodu, ale i architekturu a život v často exotických oblastech. Občanům města Pardubic je představil během čtyř výstav (Oregon 2005, Nepál 2006, V objetí skal 2008, Mexiko 2008) a video projekcí často doplňuje autorská čtení a večery poezie, které pořádá jeho otec JUDr. Jan Kratochvíl.

 První dny polabinské školy „Do Pardubic jsem se přistěhoval na jaře roku 1968 ještě před otevřením základní devítileté školy v Prodloužené ulici. Po prázdninách jsem měl nastoupit do čtvrté třídy. Na otevření školy jsem se velmi těšil, podobně jako většina mých spolužáků. Věděli jsme totiž, že otevření se má zúčastnit i televize, a představovali jsme si, jak rodičům zamáváme z obrazovky. Televize ale nepřijela. Po okupaci Československa vojsky Varšavského paktu 21. srpna měli její reportéři jiné starosti. My děti jsme byly velmi zklamány. Zdaleka jsme si neuvědomovali, že okupace překazila mnohem víc než jeden televizní přenos a že zastaví politický vývoj v naší zemi na více než dvacet let.“

 O několika učitelích „Vývoj, vzdělání a budoucí uplatnění žáků ovlivňuje škola víc, než si sami učitelé někdy uvědomují. Odborné zaměření se většinou formuje až na střední škole, ale vztah k učení a k životu vůbec rozhodně již během prvních let školy. V tom je role základní školy nezastupitelná. Vzhledem k šíři výuky se mi do paměti zcela přirozeně vryly osobnosti i z oborů, které se posléze dostaly mimo hlavní sféru mého odborného zájmu. Dodnes vzpomínám na tehdy zvláštně vypadající aprobaci paní učitelky Zajíčkové, která nás učila jak matematiku tak kreslení (dnes vím, že matematika a umění mají velmi mnoho společného). Na paní učitelku Kuchyňkovou a její zápal pro náš rodný jazyk. Na paní učitelku Gerbelovou, která dokázala aspoň trochu polidštit tehdy tak nepopulární ruský jazyk. Na pana učitele Veselíka, který žákům šestých tříd zpřístupnil softbal (jinak považovaný za ryze vysokoškolský sport). Nejvíc ale asi na paní učitelku Vlachovou, která na nás přenášela svoji vášeň pro výtvarné umění (dodnes si živě pamatuji, jak jsme napodobovali techniku Vincenta van Gogha a malovali kolíčkem na prádlo místo štětcem, jak jsme tesali sochy ze zbytků pórobetonu přinesených z tehdy rozestavěných Polabin III, či jak jsme se nemohli shodnout, zda hudba koncertu  b-moll Petra Iljiče Čajkovského je zelená či červená). Pokud trpím občasnými workoholickými záchvaty, pak jejich kořeny lze snadno nalézt v hodinách výtvarné výchovy na polabinské ZDŠ.“

 Přes ulici „Moje vzpomínky na ZDŠ v Polabinách jsou nerozlučně spjaty s docházkou do hodin klavíru na Lidové škole umění nad nákupním střediskem, vedle restaurace Labe. Drezúra ve třídě paní profesorky Kazbundové mne zřejmě poznamenala pro další profesionální život stejně jako docházka do ZDŠ. Trochu ironicky právě LŠU mne nasměrovala k matematice – při cvičných hodinách hry na varhany mne o rok starší kolega Standa Scholle přemluvil, abych zkusil řešit matematickou olympiádu. A při čekání na vystoupení na pravidelných večírcích a cestách na různé hudební soutěže vznikla přátelství, která trvají a zpříjemňují život dodnes – s paní Janou Mičulkovou, profesorkou pardubické konzervatoře, s varhanním virtuosem Alešem Bártou, či s primášem Wihanova kvarteta houslistou Leošem Čepickým. S posledními dvěma se – pro někoho možná dost překvapivě – potkávám mimo jiné na matematických a informatických konferencích.“

Společné vystoupení pana Čepického s panem Kratochvílem (foto Rudolf Stolar)